Upravno vijeće donosi Statut i druge opće akte Instituta; program rada i razvoja Instituta i nadzire njihovo izvršavanje; financijski plan za tekuću godinu; proračun Instituta na prijedlog ravnatelja i uz prethodnu suglasnost ministra nadležnog za znanost; odlučuje o godišnjem obračunu i raspodjeli dobiti; predlaže osnivaču promjenu naziva, sjedišta i djelatnosti Instituta; donosi u drugom stupnju pojedinačne odluke u svezi radnih odnosa zaposlenika Instituta; daje osnivaču, ravnatelju i znanstvenom vijeću prijedloge i mišljenja o pojedinim pitanjima; odlučuje o pitanjima koja Statutom nisu stavljena u nadležnost drugih tijela Instituta; imenuje i razrješuje ravnatelja Instituta; te obavlja druge poslove određene zakonom i/ili Statutom.
Upravno vijeće Instituta za javne financije ima pet članova ‒ predsjednika i dva člana imenuje Ministarstvo znanosti i obrazovanja, jednog člana tajnim glasovanjem izabiru članovi Znanstvenoga vijeća Instituta, a jednog člana imenuju i opozivaju zaposlenici Instituta neposrednim i tajnim glasovanjem. Mandat članova Upravnog vijeća traje četiri godine.
Članovi Upravnog vijeća Instituta za javne financije su:
- prof. dr. sc. Domagoj Karačić, Ekonomski fakultet Sveučilišta u Osijeku (predsjednik)
- prof. dr. sc. Ivan Pavić, Ekonomski fakultet Sveučilišta u Splitu
- Doria Petričević, dipl. oec.
- dr. sc. Josip Franić, Institut za javne financije, predstavnik Znanstvenog vijeća
- dr. sc. Slavko Bezeredi, Institut za javne financije, predstavnik zaposlenika